Antes de contarte cuáles son las colecciones que tiene el museo, es importante que aclaremos algunos términos:
1.    Arqueología: Es una disciplina que estudia las sociedades a través de sus restos materiales, como porcelanas, vasijas, esculturas, entre otros.
2.    Etnografía: Es una herramienta que permite investigar las características culturales de los distintos  grupos humanos.

Colecciones de arte: en el Museo encontrarás objetos que están clasificados por el tipo de materiales que han utilizado los artistas para realizarlos. Entre ellas  Son  1.500 piezas, entre ellas  dibujos, esculturas, pinturas  y grabados.	Colección de historia: está conformada por documentos que narran hechos de la historia del país, monedas, medallas, fotografías, impresos y manuscritos, objetos testimoniales y objetos científicos.
Colección etnográfica: son piezas elaboradas por los indígenas como armas, instrumentos musicales, vestidos, plumajes, collares, cerámicas, entre otros. También, encontrás una colección de piezas africanas elaboradas en el siglo XX.	Colección arqueológica: tiene alrededor de diez mil piezas que se han ido coleccionando desde la creación del Museo hasta nuestros días. Podrás ver  piezas de nuestra historia como una momia encontrada en Tunja, huesos de animales desconocidos  máscaras, silbatos, recipientes, etc.